甜瓜果实为一瓜多胚，通常一个瓜中有300~500粒种子。种子由种皮、子叶、胚三部分组成，不含胚乳。种皮较薄，表面光滑或稍有弯曲。种子扁平，有披针形、卵圆形或芝麻粒形，颜色有黄色、灰白色、褐色或红色。种子大小差别较大，薄皮甜瓜种子小，千粒重9~20克；厚皮甜瓜种子大，千粒重30~80克。薄皮甜瓜种子在干燥低温密闭条件下，发芽力能保持10年以上，一般情况下寿命为5~6年。