一、生物防治

南瓜细菌性缘枯病的发生与土壤条件、气候等都有一定关系，因此利用一些有益微生物进行生物防治是一种可行的方法。如利用木霉菌等真菌为基础的生物制剂，可以防治南瓜细菌性缘枯病。

二、化学防治

化学防治南瓜细菌性缘枯病是目前应用较广泛的方法。可以使用三唑酮、甲基硫菌灵等化学药剂进行防治。但是需要注意的是，使用药剂时应严格按照说明书上的用药方法进行，以免影响南瓜的质量和口感。

三、物理防治

物理防治南瓜细菌性缘枯病的方法主要是利用高温、低温、紫外线等物理因素对病菌进行杀灭。如利用高温消毒土壤、利用紫外线等对种子进行消毒，可以有效地控制南瓜细菌性缘枯病的发生。