防治黄瓜病毒病要特别注意土壤消毒。

农业防治为主。可使用10%宁南霉素可溶性粉剂1000倍液喷雾，间隔期为5天；或2%氨基寡糖素水剂300~450倍液喷雾，间隔期为7~10天;或5%菌毒清水剂250~300倍液喷雾，间隔期为7天;或3%三氮唑核苷水剂900~1200倍液喷雾，间隔期为7~15天。

黄瓜病毒病主要是带毒寄主（蚜虫）传播的，防治田间蚜虫，减少传播途径。