樱桃的根系种类、繁殖方式、土壤类型的不同有所差异。中国樱桃实生苗无明显主根，整个根系分布较浅；甜樱桃实生苗根系分布深而比较发达；马哈利樱桃主根特别发达，幼树时须根亦较多，随植株生长，须根大量死亡，植株生长势明显下降，进入盛果期易发生死树现象；欧洲酸樱桃和库页岛山樱桃的实生苗根系比较发达，可发育3~5个粗壮的侧根；本溪山樱桃根系较发达，粗细根比例较合适，但对黏重、瘠薄土壤适应性差，不抗涝。同一种砧木，在不同土壤条件和土肥水管理条件下，其分布范围、根类组成和抗逆性均明显不同。扦插、分株和压条等无性繁殖的苗木没有主根，根量比实生苗大，分布范围广，且有两层以上根系。

史洪琴等研究了引种到贵州的几个樱桃品种［品种分别为乌皮（自根苗）、红灯、芝罘红、大紫、龙冠、先锋，甜樱桃砧木为 ZY -1，均为9年生樱桃树，树高3.45~4.66米，冠幅3.63~5.21米，干径19.25~14.52厘米］的根系分布，结果发现，9年生樱桃根深可达90厘米的土层中，在离土表40厘米内的各层土壤中，根系分布较稳定，在此范围内的根占据总数的79.12%。绝大部分根系分布在60厘米以内土层中，占92.48%,深度小于20厘米的土表中根接近一半。在土体的纵深方向，从10厘米起，随深度的增加，根越来越少，到40厘米有一明显的拐点，往下根大幅减少；9年生樱桃根在水平范围可伸达300厘米的土壤中，距中心干的距离越远，根就越少。在干周围50厘米的范围内，根系集中分布在40厘米以内，占92.31%%。其中，水平距离30厘米内的根较均匀，0~10厘米、10~20厘米、20~30厘米根系分布分别占27.91%、28.79%、22.64%。

土壤条件和管理水平对根系的生长有密切关系。一般在土层深厚、疏松肥沃、透气性好、管理水平较高的情况下，根系发达，分布广。

肥料种类对甜樱桃根系的活力和形态建成都有影响。王金龙等以2年生盆栽甜樱桃幼树为试材研究了不同形态氮肥对樱桃根系活力的影响，结果发现尿素处理后植株发生大量白色肉质新根，粗度1~3毫米；硫酸铵处理植株多发生大量白色强旺新根，新根前后粗度一致：硝酸钾处理植株发生较多侧根，新根细弱。

因此，在生产上要注意选择根系发达的樱桃砧木种类和良好的土壤条件，并加强土壤管理，促进根系发育。