南瓜蔓枯病是雨季最易发的常见病害，除了叶片发病外，藤募也易发生开裂，病重时萎蔫，致提前拉秧。最好是提前预防。如与禾本科作物实行2~3年轮作。及时清除病残体，带出田外深埋或焚烧。注意整枝，摘除过密的叶蔓，改善通风透光条件。采用配方施肥，施足充分腐熟有机肥。由于降水是诱发本病的重要因素，应注意排水，雨后应喷药。

南瓜蔓枯病发病初期要及时选用药剂喷雾，可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500~1000倍液、50%混杀硫悬浮剂500~600倍液、55%硅唑·多菌灵可湿性粉剂1000倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂900倍液、25%咪鲜胺乳油1000倍液、560克/升嘧菌·百菌清悬浮剂700倍液、30%戊唑·多菌灵悬浮剂700~900倍液、56%氧化亚铜水分散微颗粒剂600~800倍液、47%春雷·王铜可湿性粉剂700倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等喷雾防治，掌握在发病初期全田用药，隔3~4天后再防一次，以后视病情变化决定是否用药。

对于茎蔓发病的，也可采用药剂涂茎。可选用40%百菌清悬浮剂或50%甲硫悬浮剂50倍液、40%氟硅唑乳油100倍液等，用毛笔蘸药涂抹病部。