黑枸杞的营养价值比红枸杞高很多，药用价值更高，但是它所含的丰富花青素经过高温就会流失，所以一般是直接食用或者用温水泡茶，水温不能太高；红枸杞主要是滋阴补气的功效，可以用来泡酒、泡水、煮粥、熬汤等等，食用方法很多。

它们二者最直观的的区别就是在外观上前者的果实颜色是黑紫色，颜色很深，是扁圆形的，有一个小小的果柄。后者是长圆形，外观红色，没有柄。

在食用的时候，因为黑枸杞里面有很多花青素，接触高温之后就会流失，破坏里面的营养物质，一般是直接食用或者用温水泡水喝，水温也不能过高；红枸杞就没有那么怕高温，平时直接泡水喝、泡酒、熬汤、煮粥等都是可以使用的。

黑枸杞一般是野生的，个头比较小，它的含糖量没有红色多，所以在直接咀嚼食用的时候口感没有红色的那么甜，但是它的营养价值更高。它被称为“滋补软黄金”，含有100多种对人体有益处的营养物质，具有很高的药用价值，甚至连恶性疾病的治疗也有帮助作用。

红枸杞的用法很广泛，具有滋阴补血的养身体的作用，但是对于恶性病的帮助不是很大，营养价值相较黑枸杞也比较弱一些，花青素也少，这也是黑色的价格普遍比红的高的原因。